超声治疗的机理是利用超声能量进入人的生物组织后产生的各种生理效应，来达到治疗的目的。例如用超声的机械效应进行超声的外科手术和超声碎石手术。利用超声热效应，使机体局部温度升高，来增加腱和关节囊等胶原，丰富组织的伸展性，减轻疼痛和飢肉痉挛。

同时还能将伤疤组织、关节囊、肌肉等有选择性的加热至治疗温度，而不伤及皮肤和皮下组织。温热效应还能增进血液循环，改进代谢，加速化学反应过程、pH值变化、酶系统功能影响等“这些变化，必然对机体局部组织机能状态产生影响，达到治疗的效果。